北斗一代系统具备有源定位、授权服务、短报文通信功能。而北斗二代系统则采用广播式服务，不仅保留了位置报告、短报文通信服务，而且实现了如GPS般的无源定位，即用户不用申请也能定位。目前所提供的区域服务仅仅迈出了二代系统的第一步。
硬件方面，卫星的寿命直接影响整个导航系统的服务质量，但现阶段我国导航卫星的设计使用寿命只有8年，后阶段将着力把卫星寿命延长至10~12年。除了零件制造技术要跟上之外，北斗导航系统还存在诸多不足，比如卫星超出了现有地面基站的测控范围，以及如何保证定位精确度等难题依然有待解决。
此前,诺基亚曾计划与中国合作，将北斗芯片装载在诺基亚的智能设备上，但因为当时芯片尺寸过大而没有达成实质合作，尽管经过数年的攻关芯片尺寸得以缩小，但依然只能适用于诸如渔船、电站、通信基站和汽车等大型设备上。
卫星分布方面，其密度有待提高，否则精度很难达到GPS的水准。目前GPS卫星共有32颗，分布在六个轨道面，其中两个轨道面各有6颗，尚不确定实际在使用的卫星数目。而北斗系统直到2020年才有可能达到20颗卫星的分布，仅从卫星的密度来看，北斗未来一段时间内依然很难与GPS相媲美。
算法方面，由于北斗的研究事实上是军方主导，导航系统的算法并未对外公布。不过，即便当前北斗导航的位置精度不够，但时间精度足够，在大型设备的使用上基本能满足要求，如果不考虑成本因素，为完成产业战略布局，还是够用的；但对于量大面广、价格敏感、用户自由选择度高的手机定位、乘用汽车导航设备而言，大规模产业化还有很长的路要走。正是因为上述不足，因此目前项目组采取的策略就是兼容GPS。一方面尽可能地在实际使用过程中发现问题，另一方面利用现有的GPS服务填补精度上的空缺，并逐步实现替代。
